2005년 11월 정부에서 제출한 항만공사법 일부개정안이 2006년 9월 8일 국회 본회의에 상정되어 통과됐다.

이번에 법률을 개정한 이유는 항만관리의 효율성을 위하여 필요한 경우 2개 이상의 인접한 항만을 관할하는 공사(公社)를 설립할 수 있도록 하고, 항만배후단지 및 복합화물터미널 등 항만부대시설의 조성 및 관리·운영과 관련한 사업을 공사가 직접 수행할 수 있도록 하는 등 공사의 설립근거 및 사업범위를 합리적으로 조정하는 등 현행 제도의 운영과정에서 나타난 일부 미비점을 개선·보완하려는 것이다.

주요 개정내용을 보면, 종전에는 항만별로 공사를 설립하도록 되어 있어 수개의 항만이 인접하는 경우 공사를 중복하여 설립하는 등 비효율적인 측면이 있어 이를 조정하여 공사는 국가가 직접 관리하는 무역항별로 설립하도록 하되, 항만관리의 효율성 등을 위하여 필요한 경우 2개 이상의 인접한 항만을 관할하는 공사를 설립할 수 있도록 했다.(제4조제2항)

항만공사는 항만구역 중 무역항에 설립됨에도 불구하고 그 관할 구역이 지정항만과 지방항만으로 되어 있으므로 항만공사의 관할 구역을 무역항으로 명확히 한정했으며(제4조제3항),항만시설 중 수역시설을 공사의 관리구역으로 포함시켰다.

또 공사의 사업범위에 항만시설과 직접 관련된 사업 외에 부대시설의 조성 및 관리·운영사업, 외국 항만의 개발·관리 사업, '화물유통촉진법'에 따른 복합화물터미널 사업 등을 새롭게 추가했으며(제8조), 신항만의 신속한 건설을 위하여 공사가 신항만건설사업을 직접 시행할 수 있도록 하되, '사회기반시설에대한민간투자법'에 의한 민간투자사업에는 사업시행자로 참여하지 못하도록 했다.(제21조의2)

이 법은 공포 후 6개월이 경과한 날부터 시행하며, 단 제8조제1항제1호의 개정규정에 의하여는 항만시설 중 수역시설에서 항만공사가 행하는 사업에 관하여는 대통령령이 정하는 날부터 시행한다.