1881년 수에즈운하를 완성한 프랑스가 공사를 진행할 회사를 설립, 계획기간 7년을 공기로 착공에 들어갔다가 전염병과 자금조달의 어려움으로 9년 만에 공사를 중단하였다. 1894년 다시 프랑스계 기업을 설립하여 당시 파나마 횡단철도를 완공하면서 운하건설의 필요성을 절감하던 미국에 운하굴착권과 기계 및 설비 등을 4,000만불에 매각하였다.

파나마운하는 위치상 중앙아메리카의 파나마 지협을 통해 대서양과 태평양을 이어 주는 잘록한 부분에 위치하고 있어 수로를 낼 경우 미국 동안에서 서안으로 향하는 배들이 남아메리카 마젤란 해협을 돌아가는 불편을 해소할 수 있었다.

이듬해 미국은 프랑스로부터 운하건설공사를 인계받은 후 철저한 방역대책을 수립하고 8년간 절벽의 붕괴를 막는 증기삽, 준설선 등 새로운 공학기법과 도구를 적용한데 이어, 유럽에서 12,000명, 서인도제도에서 31,000명 등의 노동력을 투입하여 1914년 8월 15일 완공에 이르게 되었다.

파나마운하를 통항하는 선박들은 약 14,800km의 항행 거리를 단축시킬 수 있게 되었으며, 이후 85년간 미국이 파나마 운항권을 관리해오다 1999년 12월 31일 파나마 정부로 이양하였다. 파나마는 두 번의 세계대전과 경제 대공황에도 불구하고 연간 통항물동량 3.2억톤, 연간 통항척수14,000척으로 전 세계 해상물동량의 3%를 처리하는 세계무역의 요충지로 발돋움하고 있다.

현재 파나마운하는 길이 64km로 통항시간 8시간이 소요되는데, 폭 32.3m 이하의 통상 6만톤~10만톤 화물선이나 최대 5,000TEU급 컨테이너선만이 통과가 가능한 상태로 운하의 확장 필요성이 지속적으로 재기되어 왔다. 이에 파나마운하청(Panama Canal Authority)은 7년간의 검토를 거쳐 총 52억5,000만불을 투입하여 폭을 49m로, 깊이를 15m로 확장하는 계획을 확정하고, 2007년 착공 후 2014년 10월 첫 개통을 목표로 건설 중에 있다. 모든 확장구간의 공사가 완료되고 새로운 갑문이 완성되는 2025년경에는 연간 통항물동량이 6억톤으로 2배 가까이 증가하고, 연간 경제기여도가 현재 6억불의 8배에 해당하는 수익을 낼 수 있을 것으로 추산하고 있다.

현재 파나마운하를 이용하는 국가들로는 미국이 통항화물의 65%를 차지하고, 한국은 미국, 중국, 칠레, 유럽연합, 일본에 이어 6번째에 해당하며, 컨테이너 물동량은 한국발 2,922,223LT, 한국행 2,2213,672LT로 조사되었다. 올해 4월기준, 한국과 파나마 정기선 서비스로 MSC 등이 8,000TEU급 12척을 배선한 Andes Express, ACSA1, ANDEX Sling 1과 CSAV 등이 6,000TEU급 10척을 배선한 ANDEX Sling 2, ACSA1, ACSA2 외 12개 서비스가 운영되고 있다.